Descobri isso, mas não foi bonito. Gostaria de instalar a partir do cd do servidor, e na reinicialização iria falhar logo de cara, dizendo apenas 'grub error 2' (alterado eventualmente para 22). Reparar o grub do cd de instalação não resolveu o problema.
Primeiro, acontece que a ordem dos controladores sata foi trocada na nova instalação. Todos os discos foram apagados, mas o hardware não foi embaralhado, então não sei por que isso aconteceria. O problema com isso é que apenas um dos cartões sata (aquele que controlava anteriormente sda-sdc, agora sdd-sdf) é inicializável. Tendo descoberto isso, instalei o sdd, mas tentativas prévias de instalação nos discos não-inicializáveis eram visíveis pelo grub depois que ele era carregado, e a exclusão delas deixava ele carregando o grub do sdd e procurando por uma raiz inexistente em sda-sdc. A solução foi limpar tudo novamente, instalar em sdd e executar um terminal a partir do live cd:
sudo grub
grub> find /boot/grub/stage1
(hd3,0)
grub> root (hd3,0)
grub> setup (hd3)
grub> quit
Faz sentido, pois no /boot/grub/device.map hd3 é mapeado para / dev / sdd.
Não consegui encontrar uma maneira na BIOS de dar ao controlador inicializável qualquer tipo de prioridade para o pedido de dispositivos, e reorganizar a ordem de inicialização HD no BIOS não pareceu importar. O último recurso seria abri-lo e trocar os slots pci das placas de controle, mas como ele inicializa bem, não vou tentar fazer isso - talvez na próxima atualização.