Se você atualizar do WSs 2.0 para o WSS 3.0, a atualização deverá manter o mesmo sistema de banco de dados - no seu caso, o SQL Server 2K.
parece que a atualização tem "nome_do_servidor \ MICROSOFT ## SSEE" com o Banco de Dados Interno do Windows ou o SQL Server 2005 Express.
Isso provavelmente está causando problemas porque seus bancos de dados do SQL Server 2K WSS ainda estão lá ao lado dos bancos de dados do WSS 3.0.
Gostaria de saber se a sua instalação do sql 2000 não foi totalmente atualizada antes da instalação (que o WSS.30 não pode usar, depois da atualização do Windows, foi corrigido para onde ele pode usá-lo e está de alguma forma tentando usar o antigo banco de dados atualizado.
Mais detalhes sobre a atualização seriam úteis. Eu não removerei os dois até que você tenha certeza de que o sql 2000 está totalmente atualizado e, em seguida, será atualizado novamente.