Metade da solução é fazer o chroot dos usuários da cadeia em seus respectivos DocumentRoots quando eles fazem o login para transferir arquivos.
Isso pode ser feito facilmente com o SSH (SFTP / SCP) usando a diretiva ChrootDirectory .
Editar:
Como a prática acima mencionada foi estranhamente rejeitada, eu também posso fornecer a outra metade.
Geralmente, a única maneira de impedir que os módulos de script do Apache acessem arquivos no FS que eles não deveriam, é executá-los através do suEXEC como CGI. O que é muito horrível na minha opinião. Em seguida, você precisará garantir separadamente que os arquivos de cada usuário sejam restritos apenas aos seus próprios UID / GID, por exemplo. %código%. Como alternativa, existem alguns módulos de terceiros que farão isso em uma caixa para você, como suPHP .