Existem várias ferramentas diferentes para usar nesta situação .... mas o melhor para os olhos na solução de problemas é Perfmon ... então você só precisa configurar contadores para disco / processador / memória ram / rede e assistir a picos inexplicáveis ..Isso seria melhor feito a partir do console, mas pode ser feito em RDP.
Iniciar | Executar | perfmon --- irá disparar alguns contadores básicos.
Quanto ao monitoramento de longo prazo, eu uso duas ferramentas. e Microsoft System Center 2007.
O MSCOM2007 lhe dará a capacidade de monitorar até o olho do mosquito o que está acontecendo com uma máquina. Spiceworks é nível superior.