Depende do servidor FTP. Por exemplo, o Pure-FTPd usa um arquivo temporário e o renomeia. O vsftpd usa bloqueios. Eu não sei o que os vários servidores Windows fazem.
Em vez de fazer com que os usuários façam upload e download do mesmo diretório, convém enviá-los para um diretório, verificar o conteúdo e movê-lo para um diretório de download. Você pode querer procurar por vírus, trojans, arquivos truncados, formatos de imagem incorretos, etc.