O mantenedor do Okular já sugeriu anteriormente que não há planos para mudar o comportamento atual conforme declarado na página bugs.kde.org linkada abaixo. Algumas pessoas que não estão satisfeitas com isso forneceram patches na parte inferior da página bugs.kde.org, linkada abaixo, que irá alterar o comportamento padrão do Okular de fazer zoom, enquanto mantém pressionado o botão do meio do mouse para rolagem: link
Talvez o patch de novembro de 2013 (do link acima) ajude sua situação. Você pode aplicar o patch à fonte do Okular e compilar uma versão que funcione do jeito que você deseja. Se o patch for para uma versão do Okular muito diferente, você poderá estudar o patch e descobrir qual código precisa ser alterado manualmente. Você pode achar o Kompare útil para aplicar patches e comparar arquivos de origem. Apenas o Google Kompare para mais informações.
Há boas informações sobre a compilação do Okular em vez de instalar a partir de pacotes binários nesta página: link