No que diz respeito à minha experiência desde que fiz a pergunta, a resposta mais simples é: você acabou de adicionar um novo PPA e deixá-lo atualizar o (s) pacote (s). As configurações do programa permanecem inalteradas de acordo com a atualização usual (porque é basicamente a atualização usual - a única coisa que muda é a nova fonte do pacote (s)).