Desta vez é a hora que o Apache recebeu o pedido.
O Apache grava em logs após a conclusão da solicitação.
Você pode verificar no status do servidor quais solicitações são muito longas e, quando tiver uma, obter seu PID.
Depois, você pode analisar esse processo para ver o que é fazer isso:
strace -t -tt -p PID
lsof pode, então, ajudá-lo a ver o que está no final de um id de descritor de arquivo (conexão com um banco de dados, um webservice ...)