executando
sudo chmod -x * -R
você acabou de remover os direitos de execução de tudo em seu diretório atual, incluindo os subdiretórios. Isso não deve impedir a abertura de arquivos no diretório atual para edição ou leitura, mas isso impede que você abra os subdiretórios e os arquivos internos. Você não tem que mexer com o usuário "root". Basta executar o seguinte:
find . -type d
e você deve receber um erro
find: 'xxxxx': Permission denied
para todos os subdiretórios xxxxx em seu diretório atual cujo nome não começa com ". " (ponto). Para corrigir, execute
find . -type d -exec chmod +x {} +
e o acesso de seus subdiretórios será restaurado. Você terá que definir direitos de execução adequados em qualquer arquivo anteriormente executável na árvore de subdiretórios. Só você pode descobrir quais arquivos precisam.