Como Stennie apontou corretamente, seus dados quase certamente foram perdidos.
A razão para isso é que a replicação do MongoDB não é uma replicação binária dos arquivos de dados. Em vez disso, as instruções otimizadas são salvas em uma coleção especial chamada "oplog", à qual os secundários se conectam com um cursor disponível. Quando o MongoDB otimizou uma consulta, ela é gravada no referido oplog e os secundários conectados podem ler a consulta ou as consultas resultantes.
Portanto, dependendo do estado em que os arquivos de dados do conjunto de réplicas estavam quando você inicializou a replicação, o mesmo documento pode residir no arquivo de dados 1 no primário enquanto ele reside no arquivo de dados 42 em um secundário e no arquivo de dados 3 em outro. A conclusão é que a posição de um documento nos arquivos de dados não é previsível *, muito menos a garantia.
Eu odeio dizer isso, mas, exceto pelos dados forenses extremamente caros, seus dados são irrecuperáveis.
* Embora seja descrito como "O primeiro intervalo contínuo livre de bytes capaz de manter a representação binária dos dados do documento e preenchimento".