+1 para @ahmelsayed sua resposta. Mas você pode criar vários aplicativos FastCGI no IIS, com diferentes arquivos php.ini facilmente com o Appcmd. Mas apenas um manipulador / php.ini por pool de aplicativos, consulte:
Configure dois aplicativos FastCGI:
Appcmd.exe set config /section:system.webServer/fastCGI
/+"[fullPath='c:\php5\php-cgi.exe', arguments='-c c:\php5\php.site1.ini'],
maxInstances='0', idleTimeout='300', activityTimeout='70',
requestTimeout='90', instanceMaxRequests='9999',
protocol='NamedPipe', flushNamedPipe='False']" /commit:apphost
Appcmd.exe set config /section:system.webServer/fastCGI
/+"[fullPath='c:\php5\php-cgi.exe', arguments='-c c:\php5\php.site2.ini',
maxInstances='0', idleTimeout='300', activityTimeout='70',
requestTimeout='90', instanceMaxRequests='9999',
protocol='NamedPipe', flushNamedPipe='False']" /commit:apphost
Cada site pode ter seu próprio Manipulador para .php, apontando para um dos arquivos php.ini:
AppCmd.exe set config "site1.com" /section:system.webServer/handlers
"-+[name=''PHP'',
path=''*.php'',
verb=''*'',
modules=''FastCgiModule'',
scriptProcessor=''c:\php5\php-cgi.exe|-c c:\php5\php.site1.ini'',
resourceType=''File'',
allowPathInfo=''true'',
requireAccess=''Script'']"
AppCmd.exe set config "site2.com" /section:system.webServer/handlers
"-+[name=''PHP'',
path=''*.php'',
verb=''*'',
modules=''FastCgiModule'',
scriptProcessor=''c:\php5\php-cgi.exe|-c c:\php5\php.site2.ini'',
resourceType=''File'',
allowPathInfo=''true'',
requireAccess=''Script'']"
Se você não gosta da linha de comando, você pode clicar no seu caminho através do Gerenciador do IIS, claro :) BTW, assumindo identidades do pool de aplicativos configurado corretamente e permissões de arquivos NTFS, acredito que não há necessidade de open_basedir.
Edit: Duas referências: link e link para mostrar como adicionar vários aplicativos FastCGI + PHP no IIS.