O problema foi a rotação do arquivo de log como @german_guy apontou. Para obter toda a saída eu copiei todos os arquivos access.log * para fora e para outro diretório e, em seguida, un-compacted os mesclou usando:
gunzip access.log*
cat access.log* > new.file
Que eu então corri com o goaccess
goaccess -f ~/new.file
Agora recebo todos os dados de análise.