Uma solução seria usar links simbólicos .
ln -s FolderToSave ~/Dropbox/
Com essa solução, apenas um computador tem todos os direitos sobre o arquivo. O acesso através do site ou do cliente de desktop instalado em outro computador apenas dá acesso somente leitura à cópia original dos arquivos.
Os arquivos podem ser removidos da caixa de depósito, excluindo a pasta, mas eles permanecerão no computador principal, onde apenas o link simbólico foi removido.
Esta não é a melhor solução, mas oferece uma solução rápida.