Para ver quais consultas são produzidas por auth_mysql, é melhor fazer consultas via mysql consultar o log e inspecionar o que exatamente está acontecendo.
Eu tive problemas semelhantes, mas finalmente o auth_mysql está funcionando usando esta configuração:
AuthType Basic
AuthName "Access Authorization"
AuthUserFile /dev/null
AuthGroupFile /dev/null
AuthBasicAuthoritative Off
AuthMYSQL On
AuthMySQL_Authoritative On
AuthMySQL_Non_Persistent On
AuthMySQL_Socket /var/run/mysqld/mysqld.sock
AuthMySQL_DB my_database_name
AuthMySQL_User my_database_user_name
AuthMySQL_Password my_database_user_pass
AuthMySQL_Group_Table groups
AuthMySQL_Group_User_Field user
AuthMySQL_Group_Field project_group
AuthMySQL_Password_Table users
AuthMySQL_Username_Field name
AuthMySQL_Password_Field pass
AuthMySQL_Empty_Passwords off
AuthMySQL_Encryption_Types Crypt_DES
require group admin #requirement on group, valid_user,...
Tabelas e mysql:
CREATE TABLE 'groups' (
'user' varchar(48) NOT NULL,
'project_group' varchar(255) NOT NULL,
KEY 'group' ('project_group'),
KEY 'user' ('user')
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
CREATE TABLE 'users' (
'name' varchar(48) NOT NULL,
'pass' varchar(255) NOT NULL COMMENT 'Crypt_DES',
'email' varchar(255) NOT NULL,
'country_limits' varchar(255) DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY ('name'),
KEY 'pass' ('pass')
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;
Espero que isso ajude.