Se você estiver trabalhando apenas a partir de uma única fonte de captura de fluxo e filtrar os arquivos em ordem cronológica (ou seja, os arquivos são nomeados de tal forma que a ordem alfabética também é ordem cronológica), não deve haver diferença, não.
É só que o flow-cat não fará nada para garantir essa ordem; é apenas concatenar os arquivos. Por outro lado, a mesclagem de fluxo é sensível a registros de data e hora, e reordena o conteúdo à medida que funciona, de modo que o resultado esteja em ordem cronológica.