Parece que você tem um pouco de trabalho em suas mãos:).
Primeiras coisas primeiro ... Você precisará configurar o AD se for usar o MS Exchange para sua solução de e-mail, pois ele depende do esquema do AD. Eu definitivamente consideraria colocar isso em um servidor separado por razões de segurança.
Os registros SOA são simplesmente as primeiras entradas de uma zona DNS. Por padrão, as configurações estão bem. Se você configurar outro servidor DNS como uma zona secundária, precisará modificar a guia Transferências de zona para permitir a replicação dos registros.
Aqui estão instruções detalhadas sobre como apontar o GoDaddy para o seu próprio servidor DNS: link
Quando o seu servidor de e-mail estiver configurado, você precisará criar registros MX nas zonas.