Depende do tamanho da sua loja. Se for um requisito, você pode corrigir o apache para ter isso e pode tentar adicioná-lo ao autor. Mantenha o apache corrigido em um repositório local e distribua-o para os servidores locais.
Você também pode alterar os scripts de inicialização do apache para verificar a configuração e extrair os nomes dos arquivos que possuem as chaves SSL e verificar sua permissão.
A terceira opção seria criar um script systemtap que verifique quando o apache tenta abrir as chaves registra um erro e mata o apache.
4ª opção - use inotify e verifique quando as chaves são lidas, verifique se elas estão abertas pelo daemon do apache, registre um erro e então mate o apache.