Cada repositório que você está espelhando é separado por si só e exigirá uma entrada separada de sources.list ou, alternativamente, sources.list.d / file. Isso é composto pela estrutura diferente em suas estruturas de árvore de diretórios espelhados. Como um dos mantenedores do pacote Debian-espelho apt eu posso dizer que isso não é algo que foi desenvolvido para suportar.
Se você quisesse ter um único repositório customizado, precisaria pegar o conteúdo de todos os repositórios customizados e gerar seu próprio arquivo Packages usando um dos vários pacotes disponíveis para manipular seus próprios repository . Eu consideraria olhar para mini-dinstall ou reprepro para o que você está querendo fazer.