Eu tenho exatamente o mesmo problema. Apenas minha configuração é um win2008r2 x64 no Vmware Esxi. Toda vez que o número de usuários logados chega a 40, qualquer usuário que esteja conectado a partir daquele momento recebe um perfil temporário.
Solução alternativa:
Mova alguns dos usuários para outras instâncias virtualizadas do Terminal Server.
Causa e correção: O registro no nosso servidor foi inchado para mais de 2GB. Alguns drivers de impressora (Kyocera, Sharp) não estão funcionando corretamente e copiam algumas chaves do Registro sempre que um usuário faz logon no Terminal Server inchando-o no processo. Depois que limpamos o registro, o servidor voltou ao normal.