Mesmo com a configuração innodb_file_per_table, o ibdata * ainda armazena dados (meta) críticos sobre suas tabelas, você não deveria tê-lo destruído. Estou com medo de que seus dados sejam perdidos, exceto se houver uma maneira de extraí-los dos arquivos idb e restaurá-los após a reconstrução do arquivo ibdata *.
All the metadata still resides in ibdata1 and there is absolutely no way around that. Redo logs and MVCC data also still live with ibdata1.