Cada comando tem seus próprios parâmetros de configuração e / ou arquivos de configuração para usar servidores proxy. Por exemplo, w3m reconhece a variável de ambiente HTTP_PROXY e a usa como um proxy, se definido. wget também possui opções relacionadas a configurações de proxy. apt-get pode ser configurado também para usar um servidor proxy (ou melhor apt-cacher para armazenar em cache seus pacotes baixados para futuras instalações / upgrades).
No mínimo, você pode usar iptables para redirecionar todo o tráfego de saída para um proxy específico.
$ sudo iptables -t nat -A OUTPUT -p tcp --dport 80 -j DNAT --to-destination proxy_ip:proxy_port
Adicionar regras como as descritas acima é suficiente para redirecionar de forma transparente todo o tráfego de saída para o seu servidor proxy. Claro, você pode personalizar a regra de acordo com suas necessidades, como encaminhar outras portas.