Você deu muito pouca informação para ajudar a depurar.
- Qual opção você está usando?
- Quais NICs você está usando?
- Qual Kernel você está usando?
- Você seguiu os documentos do Ubuntu e removeu o network-manager? link
Desde que você diz "algum" trabalho.
- Você verificou diferenças na configuração?
- As falhas só acontecem em portas de switch específicas?
- Os sistemas que funcionam têm o mesmo hardware, kernel, NIC, configuração, etc.?
- Você pode "forçar" o erro? Tente cargas pesadas, pacotes grandes, pacotes ruins, etc., para tentar acionar o erro sob demanda.
O Ubuntu teve falhas de rede aleatórias em kernels "ruins" em configurações específicas, mesmo sem ligação. Tente um kernel alternativo, assumindo que o kernel existente corresponde a um sistema que está funcionando.
Dependendo do modo de comutador e ligação usado, até mesmo uma única falha de NIC pode fazer com que a conexão seja interrompida. Tente uma ponte transparente de canal duplo com analisador de pacotes para determinar a última NIC usada antes da falha. Além disso, observe o último tipo de pacote, sinalizadores, retransmissões, etc. enviados no cabo antes da falha.
Melhor palpite sem informações - kernel defeituoso ou hardware defeituoso. O Ubuntu não seria a primeira escolha para um sistema operacional de servidor. O Ubuntu é direcionado para usuários novatos de Linux. O Ubuntu atual tem como alvo usuários de Netbook. Ubu é uma boa seleção para desktop devido à sua popularidade - fóruns maiores, mais drivers de hardware orientados a desktop, mais aplicativos de desktop. O Debian e o Centos / RHEL têm bases de instalação maiores no uso de produção "crítica" para servidores Linux.