A configuração de 64 bits / 32 bits no Windows é uma dor gigantesca. Onde você tem que colocar esses arquivos dependerá do tipo de aplicativo que está tentando executá-los. Se você tem um aplicativo de 32 bits tentando iniciá-los, você os colocaria no diretório SysWOW64. Se você tem um aplicativo de 64 bits tentando iniciá-los, eles iriam no diretório System32. Se você deseja acessar o diretório System32 real de um aplicativo de 32 bits, você pode usar o especial SysNative .
O diretório SysWOW64 contém todos os binários de 32 bits, mas aparecerá como o diretório System32 se você iniciar um binário de 32 bits (cmd.exe de 32 bits, por exemplo). Dentro de um binário de 32 bits, você geralmente só pode acessar o conteúdo desse diretório. Você não pode acessar o diretório System32 real, a menos que esteja usando um sistema operacional que suporte o diretório Sysnative ou habilite alguns sinalizadores de API especiais.
Para aumentar a confusão, o diretório System32 (o real, visto ao usar aplicativos de 64 bits) contém todos os binários de 64 bits.