Concordo com Lynxman, amazon executa uma versão modificada do XEN, embora eu não saiba como ele é modificado.
Sua melhor aposta é criar uma imagem do Debian do zero para a AWS especificamente.
Eu sugeriria usar um processo automatizado para isso.
Por sorte, há um aplicativo para isso.
ec2debian-build-ami criará uma imagem do Debian para você do zero, é altamente modificável via plugins, então adicionar suas próprias modificações não deve ser um problema. Uma grande vantagem é o processo automatizado depois de ter escrito os scripts.
Todas as modificações em um AMI podem ser testadas rapidamente e todas as alterações são facilmente rastreadas (desde que você use algum tipo de VC).
No entanto, isso não resolve o problema de executá-lo em sua própria instalação XEN primeiro.
Eu acho que uma vez que você tenha uma AMI em execução, inicializar essa imagem com seu próprio hypervisor será menos trabalhoso do que o contrário.
p .: Por favor, poste seus resultados nos comentários. Estou animado para saber se as imagens ec2 podem ser executadas em outras coisas que não são da AWS.