Com muitas coisas em jogo aqui, eu começaria com a solução de problemas no nível mais baixo. Como eles dizem na multidão de TI que você tentou desligá-lo e ligá-lo novamente :) Às vezes eu acho que um simples iisreset pode consertá-lo.
Se for mais complexo do que isso, ao que parece, comece retrocedendo para identificar onde o problema realmente está.
Comece desabilitando o php por completo, coloque algumas páginas html regulares e veja se elas carregam bem. Se o fizerem, então parece que é um problema de php. Considerando coisas como folhas de estilo não carregá-lo soa definitivamente mais como um problema do IIS embora. Primeiro, certifique-se de ativar o log no serviço iis, se ele ainda não estiver (por padrão) link .
Comece a procurar nos logs do IIS e no visualizador de eventos do Windows para ver se algo está fora do comum.
Se tudo parece bem, você deve confirmar duplamente o seguinte:
Certifique-se de que não seja um problema de rede. Embora as duas caixas estejam no mesmo datacenter, pode haver uma incompatibilidade duplex ou alguns erros na porta em que o servidor está conectado. Faça uma transferência por FTP ou algumas outras transferências de e para a máquina e veja se você enfrenta os mesmos problemas com http. Tente navegar pelo próprio servidor ou pela mesma LAN. Obviamente, não é ótimo instalar software de navegação na web em um servidor, então, certifique-se de removê-lo posteriormente ou proteger novamente o IE.
Execute uma verificação de hardware. Se este for um serviço gerenciado, peça ao seu provedor para fazer uma verificação de hardware na máquina. As caixas mais comuns têm um CD inicializável que você pode executar para verificar o hardware.
Verifique a utilização do servidor. Ao navegar no site, há algum aumento súbito de memória ou cpu que pareça incomum?
Tente um servidor da Web diferente. Embora eu não recomende a instalação do apache no Windows, seria uma boa maneira de reduzi-lo entre um problema do IIS e um problema no servidor. Se você vir os mesmos problemas com o apache, provavelmente é a sua máquina. Se você não fizer isso, parece que é um problema do IIS.
Espero que isso ajude.