Se você quiser mantê-los sob o mesmo nome de domínio, então você terá que ter um servidor como o "painel de controle" e redirecionar todo o tráfego ligado ao servidor que você moveu para qualquer instância. A maneira mais fácil seria usar o iptables (ou o firewall escolhido no sistema operacional de sua escolha) para reescrever todo o tráfego ligado à porta do servidor movido. Se você tiver algum tipo de firewall na frente de suas instâncias, divida o tráfego lá em cima.
Talvez a melhor escolha seja simplesmente usar uma entrada de DNS de subdomínio para enviar tráfego para o novo servidor? webserver.com vai para o servidor Apache e sub.webserver.com vai para o servidor node.js?