Um elemento-chave a ter em conta: a licença.
Se você está indo a rota comercial com sua aplicação, tenha em mente que você precisa distribuí-la sob a GPL2 (caso em que você precisa disponibilizar a fonte, entre outras coisas) ou você precisa obter um < href="http://www.mysql.com/about/legal/licensing/oem/" title="Licença OEM do MySQL"> licença da Oracle (presumível contra grana suada).
Pelo contrário, o SQLite está no domínio público , então você está livre para fazer o que quiser com ele.
Dito isto, o sqlite é muito fácil de incorporar, por isso é provável que seja o caminho mais fácil, assumindo que o conjunto de recursos e o perfil de desempenho funcionem para você.