O munin-cron chama limites municipais, se algo impedir que os limites de munição terminem, você terminará com os processos munin-cron e limites munin. Tanto quanto eu posso ver (eu não uso munin-limites), munin-limits é responsável por encaminhar notificações sobre limites configurados que foi excedido. Então, para tentar descobrir por que os limites de munin não terminam, você pode tentar rodar os limites de munin o mais próximo possível de como o cron invoca, com a adição da opção --debug.
Outro conselho geral: verifique seus logs e verifique se o cron enviou algum e-mail com saída dos limites munin-cron / munin.