O principal é multi-homed e você está restringindo a replicação aos servidores de nomes listados para o domínio? Eu vi janelas fazer o pedido de transferência fora do nic errado antes e se não reverter resolver corretamente, então o xfer é negado.
Usando o DNS no Windows Server 2008, há uma constante luta com a adição de zonas primárias e secundárias. Vou adicionar uma zona primária ao NS1 para um novo domínio, editá-lo conforme necessário e, quando estiver pronto, adicionar a zona secundária ao NS2. No entanto, na maioria das vezes, a zona secundária permanece em um estado de erro e nunca adquirirá os dados da zona primária. Voltei aos domínios algumas semanas depois de adicioná-los para descobrir que o Windows nunca propagou a alteração.
Irritante.
De qualquer forma, recentemente atualizei o SP1 para o SP2 pensando que isso ajudaria, mas não ajudou. Eu adicionei dois novos domínios hoje e passei uma hora depois que a zona secundária simplesmente não sincronizava. Durante esse tempo, o único erro nos logs que eu havia visto era um deles, onde o DNS reclamava de não ser autoritário.
Para resolver o problema, acabei excluindo a zona primária, criando uma nova zona primária e pressionando "Aplicar" após cada alteração de campo. Por exemplo, depois de modificar o número de série de "1" para uma data apropriada "2010093001", clico em aplicar e, em seguida, no Servidor Principal (aplicar), Pessoa Responsável (aplicar) e finalmente Servidores de Nomes (aplicar). Depois que fiz isso, a zona secundária não perdeu tempo em obter os dados.
Idéias?