Não está claro o que você está perguntando, mas nem o Expression Engine nem o URL do PHP interferem no Cron. O WGET simplesmente age como um web client de linha de comando e a mesma análise (pelo servidor web e php) é feita na URL como se você tivesse acessado a partir de um web browser na máquina.
Em caso de dúvida, você poderá modificar temporariamente a entrada do cron modificando a entrada do cron para algo como
wget -O - -t 5 http://204.15.99.54/site >> /tmp/wget-result.html
E, em seguida, verificar o arquivo de log para verificar se está funcionando conforme o esperado.