Não, não há uma maneira fácil de conseguir isso. Você geralmente não acessa a caixa de entrada dos usuários, pois esses dados são confidenciais.
A maneira mais simples de pensar é excluir toda a caixa de correio e reimportá-la. (Mas de alguma forma eu tenho a sensação de que você não pode fazer isso porque os usuários já estão usando o novo ambiente de email)
Aqui está um artigo sobre technet que descreve como remover duplicatas no Outlook: Como remover itens importados duplicados no Outlook
Anywho, você precisa abrir cada caixa de entrada para encontrar as duplicatas. Você pode fazer o script usando o powershell: Get-MailboxFolder
ForEach-Object $mailboxusers{
$inbox = Get-MailboxFolder -Identity $_:\Inbox
....do something with inbox here...
}