Até onde eu sei, o NTFS não é para ser usado assim e a única coisa que você provavelmente conseguirá é que os dados inválidos sejam lidos no sistema de arquivos.
Você pode desmontar o sistema de arquivos do Windows e montá-lo no Linux para a migração, ou você pode usar algum sistema de arquivos de cluster para essa finalidade. Infelizmente eu não conheço nenhum sistema de arquivos de cluster de código aberto que seja capaz disso.
Eu acredito que o CXFS e o StorNext devem ser capazes de fazer o que você quer.