E se o seu Motherboard morrer? Eu acho que o software RAID será mais fácil de recuperar do que o fornecido pelo seu MB. Você também pode considerar usar outro um / dois HD para o seu sistema operacional e colocar seus dados no volume do soft raid. O desempenho provavelmente será equivalente entre suas soluções flexíveis e difíceis.
EDIT: Aqui está um link para você mostrar como funcionam os níveis de RAID. Espero que isso atenda às suas necessidades.