O OpenSSH pode fazer o scp, que é melhor de qualquer maneira, e você provavelmente o instalará para outras finalidades administrativas.
Eu tenho um servidor Ubuntu x64 LTS x64 dedicado rodando com:
O servidor da web estará executando um único aplicativo da web, não compartilho o servidor com ninguém. Eu sou o único que tem acesso a ele. Eu não quero usar o FTP, pois vai levar recursos extras para nada, eu sei que posso parar o daemon depois que eu terminar de fazer o upload do código-fonte, não me sugira isso, por favor.
Existe uma alternativa ao ftp para fazer o upload do código-fonte para o aplicativo?
Você poderia usar o sftp, que funciona como o ftp, mas tudo é transferido através de uma conexão segura e usará o sshd, que já está em execução. Se você usa windows, o winscp e o filezilla suportam o sftp.
Experimente o uber uploader se precisar de uma ferramenta para envios ocasionais. Proteja-o com https ou, pelo menos, autenticação de resumo HTTP.