Como outros já disseram, é um problema de gerenciamento, mas existe uma maneira de reinstalar um aplicativo se você tiver um cliente no domínio e implantar o software por meio da política de grupo.
Você tem uma política de grupo que implanta o software? Embora ele não seja reimplantado automaticamente se alguém remover o software, você poderá usar o procedimento documentado no link para forçá-lo para reinstalar.
Se você puder acessar remotamente o registro do computador, poderá remover o GUID do aplicativo e, em seguida, a política de grupo cuidará disso.