Sua pergunta é muito vaga, mas eu acho que você quer dizer se você pode ter um servidor FTP que não usa contas do sistema, mas contas isoladas.
Bem, então você tem muitas opções.
O
ProFTPd permite armazenar informações do usuário em LDAP ou SQL, não dependendo do PAM. O ProFTPd também pode usar pam_ldap
ou pam_mysql
sem nenhuma dependência de suas contas do sistema.
Pure-FTPd é semelhante e ainda mais leve.
Você também pode configurar vsftpd
para usar LDAP / SQL com pam_ldap
ou pam_mysql
sem depender de contas do sistema.
E você tem certeza de que precisa de FTP
e não SFTP
nos dias de hoje?