Use o Gerenciador de Serviços de Terminal (em Ferramentas Administrativas) para se conectar ao servidor e ver quais sessões ainda são usadas. Você pode redefinir e fazer logoff de sessões existentes a partir daí. Lembre-se de que apenas fechar a janela de sessão do terminal não faz logoff da sessão. Há momentos, também, quando os problemas de rede expelem alguém de uma sessão, resultando em uma sessão pendente. Eu vi frequentemente onde um usuário VPN é iniciado a partir da conexão VPN enquanto conectado a uma sessão de terminal. Isso quase sempre resulta em uma sessão de terminal pendente no meu ambiente.
EDITAR: Se você não tiver o TS Manager instalado, instale as ferramentas administrativas adicionais em AdminPak.msi, localizado em \ Windows \ System32 no servidor.