eu tenho configuração semelhante ao vivo. eles [mysql-server-5.0 e postgresql-8.3 [não 8.4 como você pede]] funcionam bem juntos.
não é como nos servidores smtp postfix vs exim - mysql e postgres não se substituem da perspectiva do sistema. mas obviamente esses dois mecanismos de db competirão por recursos do sistema [cpu, io] se você colocar uma carga alta neles [mas não há nada de errado com isso].