Você pode cronar um trabalho de rsync para sincronizá-lo periodicamente.
Você pode usar o módulo SSH FUSE para montar o diretório remoto como um diretório em seu sistema e fazer uma cópia ou rsync para fazê-lo.
Você pode agendar um script SFTP ou SCP para copiá-lo periodicamente.
Essas são algumas coisas que me vêm à mente e que funcionariam para propósitos limitados de um pequeno backup.
Eu consideraria ter uma tarefa cron no servidor que compacta e tars os arquivos que você deseja para um subdiretório especial, anexando uma data ao nome do arquivo e sincronizando-a ao sistema local apenas para acompanhar alguns "instantâneos" "dos arquivos em questão.