Seus maiores problemas com um servidor de impressão com tantas filas serão relacionados a drivers mal escritos. Os drivers do modo kernel gravados incorretamente (da era do NT 4.0) podem derrubar a máquina inteira. Drivers de modo de usuário gravados incorretamente podem travar o subsistema de spooler (spoolsv.exe), mas normalmente não derrubarão a caixa inteira (embora vazamentos de identificador ou memória nos drivers de modo de usuário ainda possam afetar a estabilidade do sistema).
Você também pode ter problemas com o esgotamento do espaço em disco se estiver deixando a pasta de spool padrão em um volume do SO sem muito espaço livre. Alguns trabalhos de impressão podem gerar arquivos de spool muito grandes (já vi arquivos de spool maiores que 2 GB antes).
Os trabalhos de limpeza estão bloqueados nas filas com regularidade também. Não permita que um monte de documentos antigos "encravados" se acumulem. O impacto desses documentos "encravados" não é horrível, mas não faz sentido desperdiçar recursos do sistema em documentos que nunca serão impressos. A remoção oportuna de filas de impressora que não são mais funcionais é uma boa coisa para ajudar com isso.
Se você estiver usando as portas TCP / IP padrão, o processador de impressão padrão (quando as impressoras não exigem um processador de impressão proprietário), drivers de impressora razoavelmente livres de bugs e espaço livre em disco suficiente no carretel é mantido você deve estar bem.