Alien é o sistema a ser usado. Como a descrição do Debian rpm package diz:
If you want to install Red Hat Packages then please use the alien package. Using rpm directly will bypass the Debian packaging system!
Normalmente, você não quer isso. Se for possível, recomendo a reconstrução do software a partir do código-fonte para um sistema Debian. O Alien simplesmente moverá arquivos, adicionará scripts e alterará o arquivo para ser compatível com o dpkg. Ele não corrigirá executáveis vinculados a bibliotecas inexistentes ou com versões incorretas.