Você precisa baixar o PuTTY Key Generator, abrir o .ppk nele e exportar para o formato de chave privada do OpenSSH em ~/.ssh/id_rsa ou ~/.ssh/id_dsa dependendo do formato.
Recebi hoje um arquivo de chave de putty (.pkk) de um cliente para acessar a instância do EC2. Desde que eu não uso o Windows, existe alguma maneira de usar a chave na interface de linha de comando ssh no Mac OS X 10.5?
A resposta de Xorlev certamente funcionará. Aceitar a chave privada do seu cliente, no entanto, viola tudo o que a PKI quer dizer. Você deve enviar sua chave pública para o cliente, que a colocará na instância do EC2, concedendo-lhe acesso. As chaves privadas devem ser mantidas, bem, privadas.