Você precisa instalar o intltool no chroot no qual você está criando seus binários.
No Qt Creator, selecione Ferramentas > Opções ... e escolha o item Ubuntu na lista à esquerda. Selecione a tag Click e clique no botão Manter ao lado do destino de compilação apropriado. Isto irá abrir um terminal com um shell de root dentro do chroot. A partir daqui, use apt-get
para instalar o intltool e o que mais você precisar para compilar seu projeto. Se você tem vários chroots, repita isso com cada um.