Você provavelmente está se deparando com problemas de latência. Eu vi o desempenho do banco de dados sobre links de baixa qualidade ficar absolutamente mal. Meu próximo passo seria pegar um rastreamento de pacotes de conexões locais e remotas (pode ser feito no servidor db, provavelmente), e dar uma olhada no tempo relativo entre os pacotes. Embora o bloqueio de um único arquivo em um fluxo possa ser rápido em ambos os casos, se a transação exigir algum avanço entre o cliente e a latência do servidor, isso poderá eliminar o rendimento percebido.