Parece que as tarefas do SQL Agent que executam o PowerShell executam o console SQL Server Powershell do SQL em vez do PowerShell.exe nativo. É possível que o executionpolicy esteja definido de maneira diferente nesse ambiente?
Como melhor teste, abra o SQL Management Studio e clique com o botão direito do mouse no nome da instância do servidor, escolha Iniciar Powershell e, em seguida, execute Get-ExecutionPolicy na janela Powershell do SQL Server. Não estou muito familiarizado com este host, mas é possível que ele use uma política de execução diferente.
Além disso, ajudaria na solução de problemas se você estivesse executando os testes manuais do powershell como a mesma conta que o SQL Agent está usando (desde que você possa ter configurações de política de execução por usuário com Diretiva de Grupo). Então, execute o SQLPS como 'FooServer \ SqlServerUser' e teste ou altere o serviço do SQL Agent para que ele seja executado como sua conta de usuário temporariamente, para tirar diferentes configurações do usuário da equação.