Algumas ideias
(1) Se você pode modificar o web.xml de suas aplicações web, basta colocar algumas linhas no web.xml para requerer autenticação básica. O truque é garantir que o usuário tenha sido designado a uma função no tomcat-users.xml que corresponda à função definida na seção de restrição de autenticação do web.xml:
web.xml:
<auth-constraint>
<role-name>protected</role-name>
</auth-constraint>
tomcat-users.xml:
<tomcat-users>
<user name="theuser" password="pas" roles="protected" />
</tomcat-users>
(2) Se o seu servidor Tomcat tiver um servidor httpd APache na frente dele, é muito fácil fazer isso no Apache. No seu arquivo de configuração, você só precisa configurar algo assim:
<Location /webappname>
AuthType Basic
AuthName "Protected site"
AuthUserFile /etc/apache2/passwords
Require user theuser
</Location>