A única coisa que eu conheço é a diferença nas interfaces de rede. Como o en1 será uma interface sem fio no Mini, ele será configurado assim na primeira vez que você inicializar o Mini. Se você inicializar o mesmo volume (ou um clone) em um XServe e en1 for repentinamente a segunda Ethernet física, poderá ter problemas para reconfigurar para corresponder à nova realidade. Eu não tenho tentado isso há um bom tempo, então eu não tenho certeza do quão bem o Snow Leopard lida, mas o IIRC você costumava ter que eliminar /Library/Preferences/SystemConfiguration/NetworkInterfaces.plist para fazê-lo funcionar corretamente. Ou isso pode destruir completamente a configuração da rede, eu não tentei em muito tempo ...
Você tem um Mac Pro para criar a nova configuração do servidor? Como esses também têm duas portas Ethernet (físicas), isso evitaria totalmente esse problema.