Então sim, com certeza o E5504. A grande mudança é que os procs baseados em Nehalem usam QPI da Intel , além de uma taxa de transferência de memória muito melhor.
Embora eu analise pelo menos o E5520 dado você usar o caso, então você tem o benefício adicional de hyperthreading em cada um dos 4 núcleos, permitindo que você tenha 8 threads em execução.