O problema aqui é que, se você quiser manter uma cópia do backup versionado inteiro em um local remoto, você terá que lidar com o fato de que o rsnapshot rotaciona os nomes dos diretórios sempre que ele é executado, então você terminará com uma nova cópia do backup mais recente sendo copiado ao longo do tempo.
Você pode alterar a maneira como o rsnapshot é executado em termos de quando executa as cópias e quando gira (renomeia) os diretórios e também pode executar scripts em vários pontos no ciclo de execução do rsnapshots, como antes ou depois de um ponto de backup específico executar.
Há um post útil aqui:
Outra abordagem é obter uma cópia do rsnapshot em sua segunda máquina e fazer com que ele faça backup do conteúdo de /snapshot_root/daily.0 DEPOIS de sua parte principal ter sido concluída. Isso, juntamente com os sinalizadores de rsync corretos, fornecerá uma cópia incremental dos seus backups mais recentes.