Um barramento PCI-e não é o mesmo que um dispositivo PCI-e . Teria que haver circuitos personalizados em ambos os lados, provavelmente uma placa PCI-e que suporta interconexões de alta largura de banda.
O protocolo de interconexão mais provável de ser útil para você é o Infiniband (IB), que pode rodar em velocidades de 4 pistas de até 40gbits / seg.
Isso não é barato de maneira alguma, mas para uma solução ponto-a-ponto, você não pode vencê-lo.